La razón es simple, existe retro compatibilidad entre ellas y no existe con la 3era (en consecuencia tampoco con la 4arta y 5nta) es decir lo siguiente.
Los pokémon de la 1era pueden ser transferidos a la 2nda sin ningun problema y viciversa a excepcion de que un pokemon de la 2nda sea nuevo o que sea de la 1era con ataques nuevos.
Ejemplificando el gyarados rojo puede pasar de una version de 1era a 2nda sin problemas, al igual que un graveler (y evolucionar) pero si estos pokémon conocen ataques nuevos, no podran ser transferidos a la 1era generacion.
Tampoco podrán transferirse pokémon de la 2nda generacion como de chikorita hasta celebi a las primeras versiones.
Encontraste ningún pokémon de la 1era o 2nda puede ser transferida a la 3era, es decir en la 3era es borrón y cuenta nueva olvidando a la 1era y segunda.
----
Bueno que opinan jajaja que mamones los de nintendo por no dejar trasnferir los pokemon de estas generaciones no =(